珠江口站建设利用珠江所的基本实施条件，具有实验室500多M2，282万元仪器设备。其中监观测站专用设备有原子吸收分光光度室、色谱仪室、毒理分析室、水生生物分析室、细菌检测室、天平室、消化室等实验室及电脑资料室，并配备有：美国Waters液相色谱仪、6890气相色谱仪、美国Varian原子吸收分光光度计、快速水质测定仪、原子荧光光度计、细菌培养箱、电培养箱、消解装置、汞分析仪、紫外分光光度计、可见分光光度计、CTL-12型化学需氧量速测仪、MODEL-ⅡA型差压式BOD测定仪、显微镜等。
　　基础条件可满足从事渔业生态环境、渔业资源监测与研究工作，并可拓展水生态系统及渔业资源保护对全球变化的响应和适应性研究工作。