主要开展珠江口生态系统的水、底质、生物等生态要素的长期定位观测; 生态系统关键过程对渔业资源变化、水产品安全的响应和适应的综合观测; 人类活动对珠江口生态系统的影响和调控管理效果的观测和实验研究; 建立珠江口观测研究站的数据共享信息系统; 服务于生态系统对全球变化的响应和适应性研究; 生态系统水、碳通量和能量通量观测研究等工作内容。