近日，中国水产科学研究院珠江水产研究所淡水虾遗传育种于凌云研究团队在罗氏沼虾基因组解析领域取得重要进展。其研究成果以 “A high-quality chromosome-level genome assembly and annotation of the giant freshwater prawn (Macrobrachium rosenbergii)” 为题，正式在线发表于国际知名专业期刊《Scientific Data》（JCR 1区）。该研究由于凌云副研究员和刘海洋博士共同担任第一作者，王亚坤博士和朱新平研究员为共同通讯作者。
罗氏沼虾作为全球重要的商业淡水虾品种，凭借肉质细腻、味道鲜美、营养丰富的特点广受市场青睐。近年来，我国罗氏沼虾养殖产业规模持续扩大，2023 年养殖产量已近 20 万吨。然而，疾病频发、种质退化等瓶颈问题严重制约了产业的可持续发展。在此背景下，开展罗氏沼虾精准遗传改良，培育兼具多种优良性状的复合型新品种，以满足日益增长的品质需求，成为突破产业发展瓶颈的关键路径。但长期以来，由于缺乏高质量的基因组资源，罗氏沼虾的种质改良工作整体进展相对迟缓。
针对这一难题，于凌云研究团队运用 PacBio HiFi 长读长测序及 Hi-C 等先进技术，成功攻克了罗氏沼虾基因组高杂合度、高重复序列占比以及大基因组规模组装等技术难题，最终绘制高质量的罗氏沼虾基因组图谱。该基因组大小为 2.96 Gb，其中 94.37% 的序列已成功锚定到 59 条染色体上，并鉴定得到 27,111 个蛋白质编码基因，完成 25,470 个基因的功能注释。此研究是继成功构建 “臻珠 1 号” 罗氏沼虾 200K 育种芯片和指纹图谱等成果后取得的又一突破，不仅为罗氏沼虾功能基因组学研究和分子育种工作提供了基因资源，更为推动罗氏沼虾种质创新、加速产业高质量发展奠定了坚实的技术支撑。
全文链接：https://www.nature.com/articles/s41597-025-05494-8
